2003年9月15日，为整合税收管理职能，提升税收工作效率，改进税收服务质量，强化税收法律落实，以色列政府决定将所得税和土地税部门、海关和增值税部门，以及相关信息技术部门进行合并，成立以色列税务局（Israel Tax Authority, ITA）。2004年9月1日，ITA正式宣布成立。2018年3月，现任局长伊兰•雅克（Eran Yaaco）就职。
一、机构设置
（一）总部机构
1、副局长办公室（ITA Deputy Director）。主要负责两项业务：（1）税收计划和经济分析。制定税收规划和宏观政策，对税收制度和法规进行绩效分析，对不同税种进行整合式经济分析，研究制定税法改革方案；通过发布经济简报、业务指南、ITA工作计划等方式进行信息公开；衡量和评估ITA各部门绩效。（2）管理海湾赔偿基金。对因敌对行动、战争或干旱等灾害，致使纳税人受到的直接或间接损失进行赔偿或补贴。
2、总会计师办公室（Chief Accountant）。负责ITA的预算控制、监督和绩效管理，供应商款项支付和账户服务，以及会计记账、职工薪资等内部财务管理事项。此外，该部门还负责向总会计师提交当期报表和定期报表，并负责编写ITA年度财务报告。
3、政策法规司（Professional Affairs Division）。主要负责三项业务：一是根据社会经济实际情况的变化，修订相关税收法律法规；编写业务指南；组建专业的税收问题研究团队；参与各种专业委员会。二是确保税法的正确执行，为各派出机构的工作人员提供业务指导。三是处理预约定价和国际税务问题。
4、评估和账户管理司（Assessment and Accounts Control Division）。主要负责三项业务：负责统一实施纳税评估政策，对企业、工薪雇员和自雇业者的所得税、房地产税、增值税进行纳税评估和审计，确保申报信息真实完整；负责监督会计记账规则的落实情况；负责海湾赔偿基金的具体支付。
5、情报调查司（Intelligence and Investigation Division）。主要负责处理涉嫌犯罪的税务案件。通过收集涉税情报，将证据材料移交以色列警察局、证券管理局、司法部反洗钱局等外部执法部门。
6、征收执行司（Collection Enforcement Division）。负责制定个人所得税、企业所得税、增值税等税种的税款征收相关政策，以及债务处理税收政策。同时，该部门还负责ITA各项税款征收的具体执行管理，并在必要时针对逃避税者启动名为“force 100”的强制执行措施
7、纳税服务司（Customer Service Division）。负责维护ITA的与纳税人的关系，为纳税人提供友好的界面和高效的接口，帮助提高纳税申报和征收的工作效率，降低与纳税人之间的摩擦成本。该部门正在开发一项新的纳税业务流程，主要目的是识别和消除纳税服务“瓶颈”，致力于实施优质高效的工作规范，并改善在线服务操作体验。
8、海关总署（Customs Directorate）。负责制定对外贸易政策，管理外贸系统，防范和打击走私、贩毒、洗钱、商业欺诈、侵犯知识产权等非法跨境交易，并对来自巴勒斯坦地区的进口商品进行特别监督和安全检查。近年来，海关总署的工作流程发生了革命性的变化，先进的信息化手段得到广泛运用，有助于在落实各项管理措施的同时，进一步提高服务质量。
9、法务司（Legal Division）。负责处理民事和刑事法律事宜。在民间领域，该司负责规划和制定法案，并向国家检察机关，管理单位和外地单位提供法律援助。在犯罪领域，它准备并起诉涉及实质性税收罪和基本犯罪所得税，增值税和海关犯罪的增值税和海关犯罪案件。
10、内控监察司（Internal Control and Ombudsman Division）。该部门的宗旨是通过实施具有系统性、独立性、客观性的控制和审计程序，识别组织内部缺陷并加以纠正，主要职责为：一是负责对ITA各单位进行内部审计，以评估其行为的合法合规程度；二是负责处理公众举报或投诉，以确保ITA员工的个人行为遵守道德标准；三是落实国家审计长报告中的相关建议。
11、行政管理司（Administration Division）。负责ITA整体人力、物力、财力资源，以及各项内外部活动的协调和管理。如预算执行监督、人事管理、内勤管理、教育培训等。
12、信息化司（Automated Processing Service）。负责管理ITA所有IT系统，并负责支持性信息系统的开发，以及计算机等IT基础设施、数据库的维护。
13、新闻和公共关系司（Spokesperson and Public Relations Division）。负责向公众提供涉税信息，通过包括ITA网站和Facebook等在内的媒体宣传最新税收政策和工作动态。同时，该部门还致力于通过宣传活动，培养纳税人依法公平纳税的意识。
（二）派出机构
1、直接税部门。主要负责企业所得税、个人所得税、土地增值税、资本利得税等税种的征收管理。全国性的机构包括1个信息情报局和1个征收管理局，区域性的机构包括26个纳税评估局、4个审计调查局、3个征收管理局和10个土地税管理局。
2、间接税部门。主要负责增值税、消费税和关税的征收管理。全国性的机构包括1个信息情报局和1个打击毒品走私和洗钱局，区域性的机构包括 8个海关、9个陆路口岸、8个内陆过境点（沿“绿线”设置）、15个增值税管理局、3个消费税管理局、4个审计调查局、1个巴勒斯坦增值税联络办公室。
二、主要职能
（一）直接税征管
以色列的直接税主要包括企业所得税、个人所得税、土地增值税、资本利得税等，征税对象是个人或企业在日常经济活动或一次性资产转让活动中产生的应税所得。
（二）间接税征管
以色列的间接税主要包括增值税、消费税、关税，以及《增值税法》中规定的其他税种如对金融机构征收和非营利组织征收的薪资税等。
（三）其他职能
1、打击非法进出口。如在标准、环保、知识产权等方面存在问题的进出口活动，以及涉及走私、贩毒、外贸欺诈等行为。近年来，随着多项国际条约和协定的签署，ITA进一步加大了在知识产权和洗钱领域的管理力度。
2、监督从巴勒斯坦地区的商品进口。在各陆地边境口岸、港口和机场进行安全检查。
3、推进海关业务的国际合作。开展关税调查、简化程序、互联信息系统、谈签相关国际条约和贸易协定等工作。
4、根据1961年《物业税和赔偿基金法》，支付战争和旱灾损失赔偿金。赔偿基金的资金起初来自物业税，但从2000年开始，随着物业税的取消，资金的来源变为房地产购置税。
5、管理就业补助金（负所得税）。负所得税是政府对于低收入者，按照其实际收入与维持一定社会生活水平需要的差额，运用税收形式，依率计算给予低收入者补助的一种方法。2007年12月，为了刺激就业、增加低收入群体的可支配收入并缩小贫富差距，以色列政府颁布了包括《负所得税法》在内的系列法律。根据规定，符合条件的低收入家庭将首先得到一份基本补助，然后其劳动所得将照常纳税。2011年起，全国范围内符合标准的就业者可以获得补助金。2013年，需要抚养孩子的职业母亲和单亲父亲的就业补助金标准提高了150％。
以色列税务部门成立时间较晚，在组织体系设计上体现了集约化、专业化和风险导向性的特点。例如，总部的13个部门主要负责宏观战略、政策制定、支持保障等职能，具体的税法执行和风险应对职能则由区域性派出机构承担，按大区分设专门的纳税评估局、审计调查局、征收管理局、信息情报局等。此外，总部还设有分税种、分行业的专家团队，为区域机构提供业务指导。
